故事旁白從雷克斯·路瑟開始，描述超人所作的英雄事跡及形象。雷克斯描述超人作為一個地球上的神，但堅持說“該來的時候，甚至是神也必須要死”。　　露易絲·蓮恩和超人正在浪漫的約會，但露意絲對他們的關系安排并不滿意。超人堅持認為，兩人的關系只能隱密地在孤獨堡壘中度過。他還沒有向他透露自己真實身份是克拉克·肯特，盡管露意絲已經開始懷疑。　　另一方面雷克斯公司挖掘到一艘太空船，當工人正在執行挖掘的工作時不小心將基因改造的兇殘怪物末日殺手釋放。末日殺手將工人們全數殺害后一步步走到了都市，一路上將鹿、狗、狗的主人全都殺死。橫沖直撞的末日殺手到達大都市后隨即被超人發現，兩人并展開大戰。最后超人全力抓著它從高空直落撞擊地面，露易絲與同事吉米·奧爾森告訴受重傷的超人已成功打倒敵人，但超人也因受傷過重而斷了氣。　　世界集體哀悼他們倒下的英雄，并在公園建立了超人的紀念碑。后來雷克斯將他的女助理一槍殺死以確保再也沒人知道雷克斯公司和末日殺手的出現有關。后來吉米對超人的死相當難過，意外地到了其他大間的報社上班。超人死后，犯罪率增加，玩具人操控著巨大機械蜘蛛并挾持了一輛戴滿小孩的校車在屋頂上，露易絲決定將人質救出，便獨自前往，但在遇到危機時，超人意外地及時出現制伏了玩具人。露易絲開心地和復活的超人一吻，后來超人的養母瑪莎感到質疑為什么他沒有打電話回家，露易絲也認為超人有點奇怪。　　后來透露其實復活的超人是雷克斯制造的克隆人，雷克斯在超人與末日殺手一戰時采集了前者的血液，因此復制超人只聽命于雷克斯。后來雷克斯將復制超人引到了一間有紅色太陽光的房間，并戴上氪石的手套不斷打擊他藉以發泄。打完后雷克斯便前去看他私自挖出的超人本尊尸體。但實際上超人還活著，并偷偷地被超人的機器人助手移到孤獨堡壘中恢復。　　復制超人在看到逃獄后的玩具人殺死了一名4歲的女孩的報導時，性格突然變得灰暗，即刻前去把玩具人殺掉，此作法使得周遭的人感到奇怪，警察也開始追捕他，露易絲認為他不是真的超人。后來露意絲和吉米發現了雷克斯想要復制超人大軍的計劃，在雷克斯正打算將兩人解決時，突然復制超人出面幫助了兩人且還將所有的復制超人試管全數破壞，因為復制超人自行將自己體內含鉛的氪石拿出使得雷克斯無法控制他。　　另一方面真正的超人在機器人助手的幫助下漸漸恢復力量，但后來聽到有關軍隊和復制超人開戰的消息便即時前往，但因力量只恢復了六成，機器人給他穿上了黑色的太陽超人裝并將氪石槍交給超人。后來超人便和復制超人展開對戰，超人的氪石槍被打飛至遠處，超人持續處于下風，露易絲將氪石槍撿起并打算射復制超人時被對方破壞了槍，但氪石罐掉了出來。復制超人在石油地打倒超人時將一旁的紀念碑舉起打算了結對方，超人用熱力射線將黏于復制超人胸口的氪石罐打破冒出了大量的氪氣體，復制超人因此敗北。臨死前，他告訴超人要保護人民。露易絲確定了他是真正的超人并親吻了他，同時也贏得大家的信賴。　　超人在露易絲的公寓，發現她的文章“復活”拼錯，并戴上眼鏡證明自己就是克拉克，露易絲便高興地擁抱他。在雷克斯公司，雷克斯先前被復制超人打成重傷，但仍活著敘述歷史已經證明，神可以死，但他們還可以回到從死里復活。他對自己微笑、沉思，可能又再想要如何摧毀超人。

超人：毀滅日是由Adam,Baldwin,Anne,Heche,James,Marsters主演的動漫全集,在2007年拍攝美國上映播出,星辰影院提供了超人：毀滅日,超人：毀滅日高清版,超人：毀滅日免費在線觀看,并且還可以支持手機看,不需要下載播放器,方便廣大影迷。