在人類不知也無法到達的地方存在著一個妖怪世界。在朋友的保護和照顧下，鬼太郎在那個神秘的妖怪世界里開心快樂、自由自在的生活著。突然有一天，鬼太郎接到了妖怪信使帶來的一封信，向他求助的是一個叫做三浦健太的小學生。健太和高中生姐姐實花和他們的父親晴彥生活在一起。他們居住的小區為了修建主題公園，正在拆毀稻荷神社，而從動工的那天開始，每天都會出現許多形狀怪異的妖怪，居住在那個小區的居民都陷入了恐慌和慌亂中。于此同時，妖怪世界里也發生了很嚴重的事情：被封印在秘密地方的“妖怪石”突然不見了。封印在妖怪石里的是人類的邪念和咒怨，而這塊妖怪石更是在織田信長、天草四郎等撼動歷史的關鍵時刻起到了重要的作用。如果可以合理的運用這塊石頭，得到它的妖怪將獲得巨大的能量，所以一旦被心術不正抑或心存歹意的妖怪得到的話，后果將不堪設想。

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