海洋，孕育地球生命之源，更藏著一個超古代的文明-高等智慧的魚族,千萬年前魚族為逃避一次災難乘飛船逃離地球,移民到外星球居住。今天，當成為了地球新主宰的人類還耽于安樂時，一場巨大的危機正悄悄接近,魚族知道人類不愛惜地球,不斷的耗費資源，更污染大地與海洋,使無數海洋物種滅絕時，便決定回到地球。使地球全部變成汪洋,并把魚族移回地球！\r\n阿空、阿靜、阿能、阿震、阿風和楊一擊等六位個性迥異的年輕人，在唐少校、柯娜和福伯帶領和幫助下，互相融合、互相接納、彼此學習，逐漸成長為擁有強大的愛心、超凡的意志及守護正義的能力的有為青年，組成了團結勇敢、戰無不勝的“巨神戰擊隊”。關鍵時刻，繼承史前文明的巨神戰擊隊挺身而出！為了保護人類，六位戰士連同十二只機械圣獸并組合成\"天\"\"地\"\"人\"三大巨神機械人殊死對抗魚族魔軍！他們不斷地迎接一次又一次挑戰，不斷地在戰斗中學習成長，在歷經無數次艱難險阻之后，最終在大家團結齊心的不懈努力之下，戰勝了邪惡力量，保護了地球的和平。

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