在東京某個位于西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，他用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此同時，在大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查后發現，被殺害的五人都是出沒于東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團“源氏螢”的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下則以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持為了解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙，小五郎一行人展開了調查。

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