約在三千萬年以前，人類處于超古代文明時期，守護人類的巨人們發生內戰，原是地球最強的黑暗戰士迪迦在受幽憐的感動后選擇成為光之戰士，使其黑暗力量長眠。奇杰拉花朵盛開，人們全部都陷入了因奇杰拉的花粉而產生的幻覺，認為已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人類的選擇，于是巨人把自己戰斗的軀體隱藏在金字塔后，化作光離開了地球。邪神加坦杰厄帶著毀滅的黑暗降臨，超古代文明毀滅。21世紀初期，地球不再有侵略和戰爭，人類期盼已久的和平終于到來了。地球防衛軍（UNDF）也因此完成了歷史使命，TPC(地球和平聯合組織)成立，人類迎來了新的時代。但是，如超古代警衛團團長幽憐所預言：\

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