前作主角?圓堂守所率領的日本代表隊“閃電日本隊”在FFI世界大賽獲得優勝的10年后、一位最喜歡足球的少年?松風天馬因為憧憬閃電十一人、以及用過足球救他的閃電標志，所以著進入雷門中學、而加入雷門足球隊不過那時受到社會高度評價而且人材輩出的足球隊卻已經消失、而讓足球完全腐敗了。不知為何、全國足球被叫作“第五部門”的組織所控制、如果不依照他們的指示踢球就不能比賽。而“第五部門”的種子選手(被京介稱之為種子)?劍城京介只以一人之力就將整個雷門足球隊打得遍體鱗傷。于是他們為了找回十年前的足球精神、新雷門十一人們將要和成為雷門足球隊教練的圓堂一起共同奮戰....

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