捷德奧特曼擊敗他的父親貝利亞奧特曼后，貝利亞的靈魂被封鎖在異度空間，但其肉體卻化為碎片飄散在宇宙，名為”惡魔碎片”。一名不知其真面目的惡徒正借著這些惡魔碎片危害四方，并將其魔爪伸向了光之國。惡魔碎片能讓怪獸變得兇暴，惡徒利用惡魔碎片，它開始毀滅行星，使宇宙陷入了危機，而它的下一個目標是地球。賽羅奧特曼和他的徒弟澤塔奧特曼勇敢地站了出來，正面迎擊敵人。經過一番激戰，澤塔奧特曼獨自一人追著怪獸前往地球。在地球上，人們為了對抗日常出現的怪獸組成了防衛軍——怪獸應對機甲部隊“軍械庫（STORAGE）”，在這支部隊中有一位熱血青年——夏川遙輝。宇宙怪獸到達地球的那一刻，澤塔奧特曼和遙輝相遇了，自此兩位熱血青年的戰斗故事開始了。

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